El archivo del Ferrocarril Mexicano del Sur está conformado por los documentos generados durante su funcionamiento desde 1940 hasta 2013. Está resguardado en 145 cajas AG-12. Los documentos están organizados en tres fondos: Ferrocarril Mexicano del Sur, Museo del Ferrocarril Mexicano del Sur y Sindicato de Ferrocarrileros. También tiene cuatro pequeños acervos anexos: Biblioteca, Hemeroteca, Fototeca y Videoteca.
La importancia de este inventario radica en que es una fuente primaria que acerca a los usuarios a la información sobre la última etapa del funcionamiento del ferrocarril. Además, pocos archivos tienen la posibilidad de combinar sus escritos con los testimonios orales de sus protagonistas, porque si bien la institución ha dejado de existir, aún continúan vivos los recuerdos en los ferrocarrileros que han acompañado la organización de este archivo.