El archivo de la agencia municipal de San Felipe del Agua es una fuente histórica invaluable para investigadores e interesados en la historia de la ciudad y de los Valles centrales de Oaxaca. Este archivo resguarda documentos que datan de 1607 hasta 1973. Contiene información de más de tres siglos de vida municipal, así como de la conformación de la agencia municipal dependiente de esta ciudad. Está resguardado en 44 cajas AG-12. Sus documentos permiten rastrear el desarrollo y crecimiento de la población desde el siglo XVII. Ahí radica la importancia de este archivo, ya que la historiografía local parece desconocer el origen del pueblo, aunque sus documentos dan testimonio de su fundación. Los títulos primordiales se encuentran en Tierras, así como en juicios civiles que detallan información sobre conflictos por linderos y por los recursos naturales con pueblos colindantes, así como con frailes dominicos. Nos permiten entender la historia de los primeros habitantes, su demografía, así como la evolución de la configuración territorial del pueblo.