El archivo está conformado por dos fondos. El Fondo Templo de San Pablo Güilá, el más extenso, está integrado por 37 cajas con documentos sobre las asociaciones de feligreses, comunicaciones con autoridades civiles y eclesiásticas, administración pecuniaria, proyectos de restauración del inmueble, organización del gobierno interno, etc. El templo nunca fue una parroquia, por lo que los registros de la administración de los sacramentos se encuentran en los archivos de las distintas cabeceras parroquiales, es decir, en San Juan Teitipac, San Pablo Mitla y San Dionisio Ocotepec. El libro más antiguo está fechado en 1802, perteneció a la cofradía de Nuestra Señora de la Soledad. También se identificó un pequeño conjunto de documentos que pertenece a la administración de la agencia municipal, por lo que se agrupó en el Fondo archivo municipal en una caja. Además, se encuentran 16 cajas de Biblioteca con libros que se ubicaban en un baúl en la sacristía. En su mayor parte son de temas litúrgicos. El inventario es una rica fuente de información indispensable para el estudio del sistema de usos y costumbres, la religiosidad popular, la administración de los recursos, las intervenciones en el inmueble, la construcción de nuevos espacios de culto.